La méthodologie adoptée par l’évaluation repose sur l’étude de documents collectés tant à Bruxelles qu’à Bujumbura, la réalisation d’interviews structurées de responsables du programme, et des visites sur le terrain pour se rendre compte des réalisations in situ. La structuration de l’évaluation se base sur le modèle du cadre logique des interventions, dans lequel les critères de pertinence (correspondance aux besoins), d’efficacité, d’efficience de la mise en œuvre, d’impact et de pérennité sont analysés. Les analyses ont porté tant sur les aspects de programmation (où l’évaluation a apprécié en premier lieu les critères de pertinence et d’impact attendu), que sur les aspects de la mise en œuvre des programmes par les partenaires (où sont concernés en priorité les critères d’efficacité, d’efficience et de recherches de solutions à assurer la pérennité).